Informação Geral

目的:

評估QM/MM方法和Surflex-Dock分子對接程序對DNA-配體覆合物模擬的準確性。

方法:

從蛋白質數據庫(Protein Data Bank)下載DNA-配體覆合物的三維結構，利用計算機輔助藥物設計的分子對接程序Surflex-Dock模擬出147個誘餌化合物(decoys)並計算其結合分數(binding score)。然後將得出的分數與從QM/MM計算的結合能力以Z-score和辨別力(DP)作比較。從而評估Surflex-Dock和QM/MM的準確性。

結果:

Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高，顯示Surflex-Dock的辨別力較低。

結論:

因QM/MM計算速度慢，本研究認為Surflex-Dock可用作快速虛擬篩選，而較準確的QM/MM則適合用於對擁有較高結合分數的化合物進行再評分(rescoring)。